Информации об основании лавры очень не много, исторические источники сходятся на том, что лавра появилась в пору расцвета Киевской Руси. Обитель монахов тесно переплетается с именем полумифического нелюдимого богатыря Святогора – защитника Руси.

Под монастырем расположен комплекс пещер. Чтобы защитить себя от набегов таторо-монгольской орды, монахи уходили глубоко под землю, где продолжали служения вдали от невзгод.

Святогорская лавра быстро расширялась, здешние живописные места приходились по вкусу многим странникам и аристократам. Одним из них был фаворит императрицы Екатерины князь Потемкин. За средства правительницы, Григорий Потемкин воздвигнул здесь прекрасный дворец. Что отчасти способствовало закрытию монастыря в 1797 году.

Однако наследница имения графа, Татьяна Потемкина восстановила монастырь и сделала очень много для возрождения святого дела в здешних краях. Под ее покровительством были возведены новые храмы, а рассказы графины о красоте ее Святогорских имений привлекла множество знатных петербуржских гостей.

С приходом советской власти монастырь закрыли, а часть имения Святогорской лавры отдали санаторию. Из Успенского собора сделали кинотеатр, пещеры под монастырем стали антирелигиозным музеем.

Все вернулось на свои места в 1992 году, в монастырь вернулись монахи, былое убранство святой обители было восстановлено. С 2004 года монастырь получил звание лавры. К сожалению, полностью комплекс пещер восстановить не удалось, после того как в одном из коридоров случился обвал, доступ в часть подземелья оказался заблокированным.

После исследования, ученые пришли к выводу, что пещеры много старше обители монахов, построенной здесь. Пещеры, скорее всего, служили убежищем для первобытных людей. По характеру строения, Николаевский храм строился не как храм, а получил данное назначение после того, как на одной из стен явился образ святого Николая. К культовому месту начались паломничества верующих.

Так появилась одно из наиболее загадочных и древних лавр, к сожалению, мало известных в наше время.